கேழ்வரகு பயிரில் களைகளைக் கட்டுப்படுத்த விதைத்த அல்லது நடவு செய்த 18-ம் நாள் ஒரு களையும், 45-ம் நாள் மற்றொரு களையும் எடுக்க வேண்டும். பொதுவாக கேழ்வரகை பூச்சிகள் அதிகம் தாக்குவதில்லை. ஆனாலும் பருவ மாற்றத்திற்கு ஏற்ப வெட்டு புழுக்கள், தண்டு துளைப்பான்கள், சாறு உறிஞ்சும் பூச்சிகள், வேர் அசுவினி முதலிய பூச்சிகள் தாக்கலாம். கேழ்வரகு பயிரைப் பாதிக்கும் பூச்சிகளைக் கட்டுப்படுத்த ஒருங்கிணைந்த பூச்சி நோய் மேலாண்மை முறையைக் கீழ்க்கண்டவாறு கடைபிடிக்க வேண்டும்.
கேழ்வரகு சாகுபடியில் பயிர் சுழற்சி முறையை பின்பற்றி சாகுபடி செய்ய வேண்டும். அதாவது கேழ்வரகு சாகுபடிக்குப் பிறகு பயறு வகைப் பயிர்கள் சாகுபடி செய்வதால் பெரும்பாலும் மண் மூலம் பரவும் வேர் அழுகல் மற்றும் வேர் அசுவினி போன்றவற்றை கட்டுப்படுத்தலாம். கேழ்வரகு சாகுபடி வரப்புகளில் உளுந்து, தட்டைப் பயறு, பச்சை பயறு போன்றவற்றை சாகுபடி செய்வதால் வெட்டு புழுக்கள், தண்டு துளைப்பான்கள், சாறு உறிஞ்சும் பூச்சிகளின் தாக்குதலிலிருந்து பாதுகாக்கலாம். ‘டிரைக்கோகிரமா’ என்ற முட்டை ஒட்டுண்ணியை 3 வாரத்திற்கு தொடர்ந்து வயலில் விடுவதன் மூலம் தண்டு துளைப்பான், வெட்டுப்புழுக்களை முட்டை பருவத்திலேயே கட்டுப்படுத்தலாம்.
சாறு உறிஞ்சும் பூச்சிகளான வெள்ளை ஈக்களை, மஞ்சள் வண்ண ஒட்டுப் பொறிகளை எக்டருக்கு 10 எண்கள் வைப்பதன் மூலம் கட்டுப்படுத்தலாம். எக்டருக்கு 12 எண்கள் இனக்கவர்ச்சி பொறி வைப்பதன் மூலம் தண்டு துளைப்பான் தாக்குதலைக் கட்டுப்படுத்தலாம். விளக்குப் பொறி வைத்து பூச்சிகளின் நடமாட்டத்தைக் கண்டறிந்து, பூச்சிகள் பொருளாதார சேதநிலைக்கு மேல் அதிகமானால் ‘அசாடிராக்டின்’ 0.03 சதவிகிதம் தெளித்து பூச்சித் தாக்குதல் ஏற்படாமல் தடுக்கலாம்.